Kann keine Links mehr setzen

Wenn Du den normalen TinyMCE ohne zusätzliche Plugins benutzt, so würde ich es im einfachsten Fall für eine Fehlfunktion und im schlimmsten Fall für eine Infektion mit Schadcode halten. Wenn Du zusätzliche Plugins für den Editor benutzt, könnte es auch mit diesen zusammenhängen. Im Grunde handelt es sich bei meiner Antwort jedoch nur um ein Stochern im Dunklen.

So viel vielleicht noch, es ist nichts Ungewöhnliches, dass sich Plugins gegenseitig behindern können und gerade bei JavaScript kann es dadurch zu kaum vorhersehbaren Verhalten kommen.

Hast Du dieses Verhalten bereits in unterschiedlichen Browsern festgestellt?

Das könnte völlig harmlos sein und einfach nur an den verwendeten Plugins liegen. Eventuell dass sich zwei Plugins gegenseitig behindern, zum Beispiel in dem es dazu kommt, dass ein Wert, der für ein Plugin bestimmt ist, an einem zweiten Plugin übergeben wird, für welches der Wert nicht gedacht war. Nur ein einfaches Beispiel:

<script type="text/javascript">


window.onbeforeunload = function() {
    alert("Verlasse die Seite");
}
</script>

Und schon hätte ich laufend diese Meldung. Du könntest per FTP kontrollieren, ob zeitlich Dateien aktualisiert wurden, die mit dem Auftauchen dieser Meldung übereinstimmen. Wenn sich da keine Zusammenhänge zu erkennen geben, dann könntest Du auch das ganze Verzeichnis neu hochladen.