Ich hab's selber noch nicht gemacht, aber wenn du hier mal schaust:
Widgetizing Themes Automattic
musst Du ein mal angeben:
[LEFT]
<?php
if ( function_exists('register_sidebars') )
register_sidebars(2);
?>
[/LEFT]
Du musst also register_sidebar ersetzen und mit der 2 gibst Du an, dass es 2 sidebars gibt.
Hiermit registrierst Du 2 Sidebars mit dem Namen Sidebar 1 und Sidebar 2
register_sidebars(2, array('name'=>'Sidebar %d'));
Dann musst du die einzelnen Sidebars noch mit dynamic_sidebar() aufrufen.
<?php if ( function_exists('dynamic_sidebar') && dynamic_sidebar('Sidebar 1') ) : else : ?>
Danach kommt noch der Code falls ohne widgets... gleiches für sidebar 2 wiederholen