Ja, das kann ich bestätigen! Vor 10 Jahren habe ich halt schlichtweg versäumt, für die Seite einen Subordner im Rootverzeichnis anzulegen. Heute wäre eine Umstellung wahrscheinlich unmöglich, da wir über mehrere hundert manuell angelegte html und php Seiten sprechen.
Entweder ich stehe gerade auf dem Schlauch oder das was du schreibst ergibt nicht wirklich Sinn.
Was haben denn die Dateien mit den Domaineinstellungen zu tun. Du verschiebst einfach alle Dateien aus dem Webroot in einen Unterordner und änderst die Domaineinstellungen auf das Unterverzeichnis. Für die Dateien die darin liegen ändert das doch nichts. Die Pfade etc. bleiben doch (relativ zur Domain) erhalten. Die Änderung geschieht doch Serverseitig. Deine Dateien bekommen doch davon gar nichts mit.