Statt die Originaldateien zu ändern, finde ich es besser, die beiden Funktionen wp_get_archives() und get_archives_link() in einem Plugin durch überarbeitete Funktionen zu ersetzen und dann statt der Originale diese veränderten Funktionen zu nehmen.
Meinst Du, der Aufwand eines Plugins würde sich lohnen? Ich hoffe doch, dass Wordpress diese Funktion innerhalb der nächsten Versionen berücksichtigt. Es wäre ja wirklich nur eine ganz kleine Sache zu erledigen. Einen aktiven Link hervorheben zu können gehört heutzutage einfach in einen modernen Blog bzw. in ein modernes CMS rein.