Bin mir nicht ganz sicher, ob ich dich zu 100% verstanden habe. Aber soweit ich das gesehen habe, ist bei WP eine Sub-Kategorie doch immer sowohl über "/category/KATNAME/" als auch über "/category/PARENT/KATNAME/" aufrufbar. Dh. auch ohne irgendetwas hin und her zu schieben, sind hier zwei Strukturen verfügbar.
Wenn Duplicate Content das einzige ist, das dich stört, dann musst du dir hier aber glaub ich nicht viel Sorgen machen. DC auf der eigenen Domain ist üblicherweise überhaupt gar kein Problem.