hmm das ist echt strange. Versuch trotzdem mal in der Datenbank bei den fehlenden Seiten den Wert von parent_ID auf 0 (Hauptebene) zu setzen. und schau obs danach angezeigt wird (danach sollte es möglich sein, sie im Backend wieder als unterseiten zu setzen).
Bzw da wo es auf null steht, schau mal ob du vllt die ID einer anderen (sichtbaren) Seite als Parent angibst. klingt unlogisch, aber ich hab schon merkwürdigere Sachen funktionieren sehen.
Dass sich auf grund eines Auto-Increment in der Datenbank plötzlich IDs von Posts und Seiten doppeln, kann ausgeschlossen werden? (das würde auch nicht die verschwundenen Kategorien erklären)
Was läuft da an plugins?
so long,
Net.