Mmh, da der Code nach </body></html> eingefügt wird ist vermutlich nicht das Template oder der Footer-Pluign-Hook verantwortlich.
Hast du WP mal drüberinstalliert (alles löschen und gleiche Version neu hochladen) um auszuschließen, dass es irgendwo in den Coredateien steckt? Hast du das Theme gründlich gecheckt (v.a. functions.php) oder mal testweise gewechselt? Hast du die Plugins mal alle deaktiviert? So könntest du dem Übeltäter auf die Spur kommen...
Alles probiert. Hab jetzt auch auf 2.7 upgedated. Bleibt aber alles beim alten.