Hallo,
es muss ja entweder am Server (Hardware) oder an der Konfiguration liegen wenn es vorher ging.
Wo steht denn der Server? RZ? Zuhause? Firma?
Wie ist die Anbindung? Wie die Latenz (Ping)?
Ist eine physikalischer Server oder ein virtueller?
Die wirklich wichtige Softwar steht nicht in Deiner Liste. PHP
Wie ist PHP installiert? Als Modul, Fastcgi, FPM?
Wenn Du mit AB einen einfachen Lasttest durchfühst wie ist dann die CPU Auslastung (htop)?
Wichtig sind opcode caches wie der in neuem PHP drin oder APC.
Nur einen Server mit einer einfachen Anleitung zu installieren führt nicht dazu dass man einen schnellen und sicheren Webserver hat.
Wir haben fast 6 Monate an der optimalen Konfiguration gearbeitet.
Viele Grüße
Stefan