Nachtrag:
Im Nginx Error Log steht folgendes:
"2015/04/30 10:23:04 [error] 11077#0: *1 FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Warning: require_once(../wordpress/wp-content/plugins/sqlite-integration/pdodb.class.php): failed to open stream: No such file or directory in /usr/share/nginx/wordpress/wp-content/db.php on line 129"
Leider waren dort nur noch vier Ordner drin.
Habe dann einfach aus dem "../wordpress/upgrade/sqlite-integration.tmp/sqlite-integration" Ordner die Dateien rüberkopiert und schon läuft wieder alles..