WordPress ergänzt automatisch je nach Post-Typ. d.h. Seite, Beitrag aber auch Archivseite usw., d.h. je nach aktuell sichtbarer Seite und auch aktueller Elternseite usw. diverse Classnames im Menü, die durch eine "Lösung" via "individuelle Links" oder andere Hacks dann fehlen und je nach Theme massgeblich das Layout des Menüs beeinflussen werden.
Die richtige Lösung ist das einmalige Anlegen des finalen Menüs nachdem alle Seiten bzw. gewünschten Menüziele existieren.
Tipp: Wenn das Menü sehr gross/lang ist, paar mal "Strg" und "-" im Browser eingeben bzw. die Zoom-Stufe des Browsers runtersetzen, das vereinfacht das Sortieren per Drag&Drop dann erheblich.