Die einzige .htaccess Datei, die WordPress über Einstellungen > Permalinks > Speichern erstellt, ist im Hauptverzeichnis der Installation.
Eine .htaccess Datei im plugins Ordner oder in anderen Ordnern erstellt WordPress standardmässig nicht. Du hast die Datei dort entweder manuell selbst angelegt oder sie stammt(e) aus irgendeinem Sicherheitsplugin.