Das Problem wurde gelöst, es war tatsächlich ein reines HTML/CSS Problem. Die Funktion wp_footer steckte zufällig mit in einem DIV, das per CSS ausgeblendet war.
Tja, ich würde sagen, selber reingelegt ;-)
Allerdings war ich die ganze Zeit auf der falschen Fährte, da ich immer nur geguckt hatte ob wp_footer auch vorhanden ist und hatte mich danach auf die functions.php oder andere php-Dateien versteift und somit immer an völlig falschen Stellen gesucht. Warum das ganze aber von zwei Plugins mit beeinflusst wurde, verstehe ich jetzt erst recht nicht. Eigentlich hätte bei diesem Fehler die Leiste ja nie da sein dürfen, egal welche Plugins aktiv oder inaktiv waren????