Hallo Tilman08,
solange du dich an den WordPress Standard bei der Theme-Entwicklung hältst, sollte es grundsätzlich keine Schwierigkeiten in Bezug auf Kompatibilität geben.
Wenn du die WooCommerce Shop Templates anpassen möchtest, achte bitte auf die Template-Struktur von dem Plugin WooCommerce.
mögliche Struktur:
/dein-theme/woocommerce/
|_/cart/
|_/checkout/
|_/emails/
|_/global/
|_/loop/
|_/order/
|_/single-product/
|_archive-product.php
|_content-product-related.php
|_content-product_cat.php
|_content-single-product.php
|_single-product.php
s. das Kapitel Theming in der WooCommerce Doku:
http://docs.woothemes.com/documentation/…-codex/theming/
Wenn du die zweite Check-Out-Seite, die durch das Plugin WooCommerce German Market ergänzt wird, anpassen möchtest halte dich dort auch an die Template-Struktur.
/dein-theme/woocommerce-german-market/
|_second-checkout2.php
weitere Infos zu WGM findest du im Helpdesk auf MarketPress.de
Die häufigsten Anpassung wirst du aber sicherlich über deine style.css erledigen können. Du kannst sowohl das WooCommerce eigene CSS als auch das CSS von WooCommerce German Market deaktivieren und die Style-Anweisungen überschreiben.
Herzliche Grüße
Birgit