Suchen die Bots gezielt nach WP oder allgemein nach PHP? Sonst könnte es ja vielleicht helfen, den "generator"-Tag zu verfremden.
Die Bots oder Programme suchen in der Regel nicht nach speziellen Schwachstellen einer Software, sondern versuchen einfach, eine bekannte Anzahl an Schwachstellen verschiedener PHP-Software (aber auch anderer) auszunutzen. Manchmal finden sich z.B. Angriffsversuche auf bekannte PHPBB-Lücken in den Logs, obwohl sich auf der Domain nie ein PHPBB befunden hat. Daher dürfte auch der Generator-Tag für diese Cracker-Tools uninteressant sein.
Solange deine Software immer auf dem neuesten Stand ist, brauchst du dir nicht allzuviele Sorgen deswegen zu machen.
(EDIT: Ich würde aber mal die Logfiles durchsuchen, ob vllt. auch Dateien gefunden wurden. Möglicherweise wird bereits eine Sicherheitslücke deines Systems ausgenutzt!)
Eine Sperre auf IP-(Bereich)-Basis wäre noch eine Möglichkeit. Oder guck dir auch mal das "Bot Trap"-Projekt an, um böse Bots auszusperren.