Wie kommentierst du denn aus? /* ... */ bzw. // sind PHP-Kommentare und funktionieren deshalb natürlich auch nur zwischen <?php ?> Außerhalb davon kommen HTML-Kommentare hin: <!-- ... -->
Eine Möglichkeit, ausschließlich mit PHP-Kommentaren:
PHP
<?php [COLOR="#ff0000"]/*[/COLOR] if(function_exists('wp_pagenavi')) : ?>
<?php wp_pagenavi(); ?>
<?php else : ?>
<div class="paged">
<span class="alignleft"><?php previous_posts_link('« Neue Einträge') ?></span>
<span class="alignright"><?php next_posts_link('Ältere Einträge »') ?></span>
</div>
<?php endif; [COLOR="Red"]*/ [/COLOR]?>