Es könnte am Safe Mode liegen, aber so wirklich glaube ich das nicht. WP läuft auch auf anderen Seiten mit Safe-Mode und Plugins. Und die ganzen Dateien auf den Webserver-user umzuschreiben halte ich auch nicht für die richtige Lösung. Probleme beim Plugin-Upload bekommst du zwar dadurch nicht unbedingt (du müsstest nur jedesmal die Rechte nach dem Upload umstellen), aber auch das funktioniert bei anderen Hostern ja ohne Probleme.
Und da dein Hoster ja WP über seinen "Software Installer" ebenfalls führt muss die Einrichtung ja ohne größere Probleme möglich sein. Also ich würde da dem Hoster weiter auf die Füße treten, vielleicht über deren Supportforum.
Läuft sonst noch irgendwas auf deinem Webspace, oder willst du irgendwas spezielles?