Statt query_posts() nimmst du für die "sekundären" Loops ein neues WP_Query-Objekt. Dann wird der "primäre" Loop nicht aus dem Tritt gebracht. Schau dir mal hier die Beispiele an:
The Loop WordPress Codex
Wenn du das suchst, dann poste mal bitte ein konkretes Beispiel und ich erklärs dir näher.