Das klingt doch gut. Also rein praktisch für das Standardtheme würde das heissen den Inhalt der '404.php' in die 'archive.php' kopieren und die 'archives.php' löschen?
Nicht ganz, du musst auch explizit einen 404 senden:
<?php
header("HTTP/1.0 404 Not Found");
?>
PHP: header - Manual
Mehr muss eigentlich nicht in die archive.php. Danach kannst du bspw. die 404.php includieren oder das Script per "exit" beenden.
Zitat
Bzw. einfach beide löschen und die links ausbauen und gut, oder?
Die Links würde ich auf jeden Fall löschen, nicht das es zu unerwünschten Fehlermeldungen kommt. Die Dateien löschen reicht aber nicht, da immer die index.php als Fallback verwendet wird.
Template Hierarchy WordPress Codex