Ich glaube es nicht, ich habe einen Weg gefunden!!! Dieser führt aber über einen Umweg in Form von zwei Plugins...
1. "Page links to" -> Damit kann im Portfolio-Item im Dashboard bestimmt werden, welcher Link aufgerufen wird. Dort habe ich den Direktlink zur Bilddatei auf dem Server hinterlegt.
2. "add-rel-lightbox" -> Damit wird automatisch bei jedem Bildlink ein rel="lightbox" hinzugefügt.
Jetzt kommt eine Lightbox wenn man auf ein Thumbnail im Portfolio klickt!
Falls jemand einen weniger umständlichen Weg kennt freue ich mich trotzdem ;)