Ich schließe mich der Frage an, ich kann zwar über die Einstellungsseite des Themes die genannten Änderungen vornehmen, dennoch werden diese Änderungen nach dem Speichern nicht übernommen und sind somit auch nicht auf der Webseite sichtbar.
zu den Farben (der Links) habe ich herausgefunden, das diese übernommen werden, wenn man auf der Einstellungsseite fast ganz unten, den Haken bei "Make Dynamic CSS Inline?" setzt und abspeichert. Ob es bei den anderen Problemen hilft, weiß ich nicht, da nicht ausgetestet.
PS: Hintergrund funktioniert auch.