Wechsel doch einmal das Theme - dieses legt die Templates fest, nicht der Permalink (der legt nur das Aussehen der URL fest).
Schau Dir doch mal die Template Hierarchie von WordPress an, da kannst Du genau sehen, welche Datei für das Erscheinungsbild der einzelnen Bereiche zuständig ist, bzw. als Fallback dient, wenn ein spezielles Template nicht definiert wurde.
http://codex.wordpress.org/images/1/18/Template_Hierarchy.png
Da siehst Du z.B. dass die archive.php zuständig ist wenn es keine date.php gibt und diese (archive.php) wiederum durch die index.php ersetzt wird, falls nicht vorhanden.
Die entsprechenden Dateien findest Du im root des themes.