Am einfachsten dürfte das im <head> der datei header.php in Deinem Theme gehen:
PHP
<html>
<head>
.
.
<?php if(is_home()) : ?>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="pfad/zu/css.css" />
<?php else : ?>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/wp-content/themes/theme/style.css" />
<?php endif; ?>
.
.
</head>