Wenn ich dich richtig verstanden habe, möchtest du jede Seite folgendermaßen aufrufen
domain.tld/de
domain.tld/en
domain.tld/us
Habe ich das richtig verstanden? Falls ja, ist das nicht soo schwer. Die Domain selber muss auf eine Ebene vorher geroutet werden, also außerhalb der genannten Verzeichnisse. Bei jeder einzelnen Installation muss die URL in der Datenbank folgendermaßen aussehen
http://www.domain.tld/de
...
...