Hallo Franziska,
ja, die Dateien selber sicherst du per FTP. Die Datenbank kannst du mit phpmyadmin sichern, falls dir dein Anbieter dieses Tool zur Verfügung stellt. Sonst geht das aber auch per Plugin zur Not.
Normalerweise sollte es beim Update zur 3.42 keine Probleme geben. Aber du hast schon recht, ein Backup sollte man generell vor jedem Update zu liegen haben.