Da es sich nicht um zwei unterschiedliche Menüs handelt, sondern um eine exakte Dopplung mit den selben CSS Klassen, würde ich auch sagen, dass es keine fehlerhafte Konfiguration ist, sondern wirklich eine Inkompatibiliät. Allerdings hast du die Dopplung nur auf der Startseite, wenn ich das richtig sehe.
Ich gehe davon aus, dass ihr die emt Pro Version nutzt? Nutzt du Elementkit nur für das Megamenü oder noch für weitere Funktionen auf der Website? Wenn du es nur für das Megamenü installiert hast, würde ich empfehlen, Elementskit schlicht auszutauschen. Es gibt ja noch einige Plugins fürs Megamenü.
Elementor selbst empfiehlt JetMenu von crocoblock (coroblock ist allerdings auch sehr anfällig für Inkompatibilitäten).