war auf jeden Fall am Anfang nicht so
Doch, war sicher von Anfang an so.
Das ist kein Bug, sondern ein typisches Scrollbalken Problem (und hängt übrigens auch vom OS und verwendetem Browser ab). Nicht die eleganteste, aber die einfachste Lösung: Setze die Höhe deines Popups von 100vh auf 100.1vh.
p.s.: Was mich auch noch stören würde ist, dass dein Close Button schon erscheint, bevor die Animation fertig ist.