Anhand Deiner Beschreibung kann ich nicht wirklich nachvollziehen, auf welchem Weg Du versuchst das Logo hochzuladen.
Bei dem Baylys Theme geht das normalerweise über die Theme Optionen. Du musst allerdings vorher das Logo in die Mediathek hochladen. Dann kannst Du die entsprende URL in das Feld "eigenes Logobild" eintragen und die Änderungen speichern. An die URL kommst Du, indem Du in der Mediathek auf bearbeiten klickst, nachdem Du das Bild hochgeladen hast. Sie wird dann in der rechten Seitenleiste angezeigt.