Zitatwie machst Du das auf dem eigenen Server? Ich möchte ja meine eigene Seite nicht beeinträchtigen
Eigene Datenbank dafür.
Im Dateisystem wird es ja sowieso ein eigenes Verzeichnis, das man entweder als Unterverzeichnis der eigenen Webseite veröffentlichen kann, über eine eigene Domain, oder einfach nur als Subdomain.
http://deineseite.de/kundexyz
http://kundexyz.deineseite.de
http://deineseitef%c3%bcrkundenprojekte.de/kundexyz
uvm.
Oder halt lokal, auf dem heimischen PC, das MySQL, Apache und PHP installieren.
Und der Kunde sieht es entweder, auf'm Schlepptop, wenn man ihn besucht, via RDP/Skype/TeamViewer oder man gibt den heimischen Server via IP, DynDNS oder VPN frei.