wenn beide auf dem selben server liegen kannst du es doch auch folgendermaßen umsetzen:
Die gleiche DB anzapfen.
Daraufhin wird ja von beiden Instanzen der gleiche Themeordner angesprochen.
Nun musst du doch nur bei der Instanz A in den Themeordner XY die Themedateien des Templates ablegen das du für Instanz B anzeigen lassen willst.
Musst natürlich noch den Header der CSS-Datei des "gefakten" Themes anpassen.
Das sollte doch gehen , oder hab ich hier nen Denkfehler?
Einfach mal kurz ausprobieren
gruss axel