Kann ich nicht nachvollziehen. Wenn WP in root/unterverzeichnis installiert wird muss man auch als URL/Domain root/unterverzeichnis angeben. Das stört normalerweise in keinster Weise irgendwelche im root installierten Dinge. Ich hab es auf einer Domain genauso. Da liegt eine ganz normale Website im root und in einem Unterverzeichnis ein WP zu Testzwecken. Beides völlig "isoliert" voneinander.
Sach ich ja !
Das dachte ich vorher auch . . .