Und die Lösung..
Neben den Einstellungen im Backend und den Grundeinstellungen im wordpress gibt es, zumindest in unserem theme 'twentyten' (zu finden im wordpress Ordner ->wp-content ->themes ->twentyten) neben dem search.php noch ein searchform.php
Da steht standardmäßig nur ein '/', welcher in ähnlich wie bei uns gelagerten Fällen noch die Angabe des Unterordners benötigt.
PHP
<form id="searchform" name="searchform" method="get" [COLOR=Red][COLOR=Black]action="/[/COLOR][I]euer Unterordner[/I]/[COLOR=Black]"[/COLOR][/COLOR]>
<div>
<label for="s">Search</label>
<input type="text" id="s" name="s" />
<input type="submit" id="searchsubmit" value="<?php _e('Search', 'twentyten'); ?>" />
</div>
</form>
Grüße