Dein HTML-Code muss aufgeteilt werden.
In die header.php kommt das, was auf jeder Seite oben angezeigt werden soll, z.B. dein Logo. Der header wird in anderen Template-Dateien per get_header() eingebunden.
Gleiches gilt für die footer.php für die Infos, die immer unten am Seitenende stehen. Hier ist get_footer() der entsprechende Befehl.
Studier mal die index.php vom underscores Theme (https://github.com/Automattic/und…aster/index.php),
um zu verstehen wie WP funktioniert.
In der Datei wird mit
[COLOR=#333333][FONT=Consolas]<?php while ( have_posts() ) : the_post(); ?>
[/FONT][/COLOR]
der Loop gestartet, der alle posts durchgeht, die aktuell dargestellt werden sollen.
Dann wird mit
get_template_part( 'content', get_post_format() );
das entsprechende Template für diesen Content-type geladen, das bestimmt, wie der post dargestellt wird.
Siehe die Dateien content-single.php und content-page.php
Lerne außerdem die Template Hierarchie, z.B. hier: http://www.texto.de/das-geheimnis-…ausdrucken-600/