Gleiche Problem hatte ich auch wenn ich WP 2.8 in einer Sub-Domain betrieben habe. Bei mir war es ein Problem mit der .htaccess.
Wie sieht die auf deiner Sub-Domain aus im vergleich zu deiner anderen Domain. Ist in deiner Sub-Domain das "RewriteEngine On" in der .htaccess ?
Problem habe ich daruch gelöst das ich die .htaccess gelöscht habe und eine neue von WP geschrieben wurde.
Vorsichtig jedoch mit dem löschen da ich nicht weiß was du sonst noch über die .htaccess definierst.