Mojn,
Ich habe das Theme nicht gewechselt und bisher ging es ja immer so....
Geht auch normalerweise, da im Customizer nicht nur die Widgets angezeigt werden, sondern je nach Theme auch die anderen Bereiche, wie Header Logo, Hintergrund, Optionen für Farben, Ein Feld für zusätzliches CSS, etc..
Setzt natürlich voraus, dass das Theme die Customizer Funktionen unterstützt, was ja bei dir der Fall zu sein scheint.
Leider schreibst du nur das du die aktuelle WP Version verwendest, aber nicht welches Theme, oder PHP Version bei deinem WP zum Einsatz kommt. (s. auch Forenregeln Punkt II.)
Das Kann jetzt also diverse Ursachen haben.
Entweder funkt ein veraltetes Plugin dazwischen, oder das Theme ist nicht so ganz mit den aktuellen Standards kompatibel und daher wird dir im Customizer die Option mit dem Header Logo nicht angezeigt.