Das Script gehört in die header.php und zwar direkt vor </head> das ist inzwischen so das es trotzdem nicht stört wenn es länger lädt. Dafür ist das ga.async = true; zuständig. Haut man es in den footer können unter Umständen Besucher "verloren" gehen, die die Seite zu schnell wieder wegklicken.
In die Index gehört es schonmal gar nicht, den dann wird auch nur was gezählt wenn die index aufgerufen wird. Keine Zählung bei siingle, page etc.