Ich lasse mich zwar jederzeit eines Besseren belehren, aber meiner Meinung nach werden die Permalinks angepasst, spätestens wenn man einmal auf den Standard zurückstellt und neu auf die gewünschte Art einstellt. Soweit ich mich erinnern kann, ist es nämlich so, dass Wordpress bei jeder Änderung der Permalinks, die htaccess neu schreibt. Es muss nur darauf geachtet werden, dass entsprechende Schreibrechte gesetzt sind, bzw. allenfalls sagt es WP, wie die htaccess aussehen würde, wenn das Verzeichnis beschreibbar wäre.
LG Domi