Sodele... das Problem hat gar nichts mit Wordpress zu tun gehabt. Heute ist auf unserem Linux-System ein Update gemacht worden, welches die Schreibrechte auf den /tmp-Ordner genommen hat. Als man den /tmp wieder auf 777 gestellt hat, waren alle Artikle mit den richtigen Tags und Kategorien wieder da... hoffe das hilft den anderen auch, welche das selbe Problem haben.
Gut Nacht allerseits