Jetzt hast du ja doch die Domain verraten ;)
Also... Ich habe mal auf deinen Screenshot geschaut. Ich habe zwar nicht gefunden, wieviel Arbeitsspeicher verbaut ist, aber das wird ja vermutlich auch nicht ganz wenig sein, bei dem Prozessor. Ich weiß jetzt auch nicht, wie groß das Projekt ist und was da so Datenbankmäßig die Dimensionen sind. So ein Server sollte aber schon mit ein paar Anfragen pro Sekunde zurecht kommen. Ich vermute mal ganz frech, dass der einfach schlecht optimiert ist. Auch einen 404er auszuliefern sollte trotz WordPress nicht gerade kompliziert sein.
Wenn ich jetzt deine Serverarchitektur richtig verstanden habe, hast du acht Kerne und eine Durchschnittsbelastung von 47.0, also 4700%. Das ist schon erstaunlich. Daher vermute ich, dass etweder der MySQL-Server ziemlich hängt, oder die Festplatten langsam sind (was, wenn MySQL nicht ordentlich cached aufs gleiche rauskommt).
Was läuft denn da auf dem Server? Viele komplizierte Plugins? Wird noch was anderes aufgerufen, wenn WordPress geladen wird? Irgendwelche Statistiktools oder so?
Edit:
Ach so, der MSN-Bot sollte sich tatsächlich an die robots.txt halten. Ob es aber sinnvoll ist, Suchmaschinen auszusperren, ist ne andere Sache.