BenJay: Tja, irgendwie hab ich das Gefühl, dass ich da jetzt auch nicht helfen kann... Versuch einfach einmal eine Art von "Objekt orientierter Programmierung" > versteh es einfach einmal folgendermaßen:
Du legst Dir eine Ordner Struktur an (meine jetzt als Bsp):
/ui - User Interface = alles sichtbare, also alles was img & css betrifft
/js - alle js-Dateien
/lib - für Library: alles, was die Module der Seite betrifft
unter /lib mach ich folgende Ordner
/cont - alle plain html-Seiten, also statischer Content, der schnell ladet
/func - alle hooks, classes, shortcuts & module
/head - head.php für <meta>, etc., head-js.php für Javascript Def und head-css.php für css Def
/mod - und hier alle Module
Dann hol ich mir alle Module, deren Pfade ich mir mit define global richte, über die /func/module.php rein. Und entweder häng ich die Module via hooks in meine Templates, oder ich mache einfach Funktionen, die ich aufrufe. Alle Dateien werden via module.php geholt und die wieder via functions.php. Dann kann ich Bugtracking relativ schnell und einfach machen, in dem ich einfach die Funktion raus nehme und schau was passiert, oder die Funktion aus dem Hook nehme. Alles in allem eine gute und schnelle Art zu Entwickeln...
..nachdem ich einfach nicht gewusst hab, was Dir hilft, hoffe ich einmal, dass dies ein brauchbarer Leitfaden ist.
Beste Grüße!