Hier haben wir das Problem, dass dein Script komplett im Basisverzeichnis deines Blogs abläuft (also dem Verzeichnis, in dem die [FONT=Courier New]index.php[/FONT] liegt; hier: [FONT=Courier New]skylinerz.de/cms/[/FONT]), der Browser aber durch deine Permalinkstruktur glaubt, er würde sich eine Ebene tiefer befinden (hier [FONT=Courier New]skylinerz.de/cms/media/[/FONT]). Das Beste aber hieran: beide haben Recht ;-)
Die Lösung ist recht einfach: Du musst das auszulesende Verzeichnis und das Linkziel getrennt behandeln. Um das auch noch stabil gegenüber Permalinkänderungen ist schlage ich folgedes vor:
<?php
$verzeichnis = ABSPATH .'wp-content/uploads/media/mp3/';
$href = get_bloginfo('url') .'/wp-content/uploads/media/mp3/';
?>
und bei der Ausgabe in der Schleife
<?php
echo '<td class="media-list-name"><a href="' .$href.$datei->getFilename(). '" target="_blank">' .$datei->getFilename(). '</a></td>';
?>
Das dürfte (zumindest im Ansatz) reichen.
LG
Dominik