Hej RTC,
du solltest niemals deine Startseite auf noindex setzen. Auf der hast du allgemein die meiste Power, schließlich wird sie, im allgemeinen, von jeder deiner Unterseiten angelinkt.
Du könntest gegen die DC ein wenig vorgehen, indem du das more-Tag verwendest, also nur einen kleinen abschnitt deines Artikels anzeigst und erst wenn man in die Artikel-Einzelansicht geht, bekommt man den rest zu lesen.
Allgemein halte ich für DC aber auch nicht für sooooooo schlimm.
Das problem geht glaub ich dabei ehr dahin, dass wenn du zwei Seiten mit gleichen Inhalt hast, dann eine davon bei google bevorzugt wird. Wenn das dann die Seite ist, die du gerade nicht bevorzugt haben willst, ist das das problem das DC verursacht. Ich glaube abgestraft wird man dafür nicht.
Das mit den kategorien noindex/follow halt ich allerdings trotzdem für richtig.