Ähnliches Problem
Mein Feed wirft nur noch die Meldung ".../feed/ was not found on this server." aus.
Bei der Standard Permalink-Struktur funktioniert es ebenfalls prächtig.
Der Blog ist in einem Unterverzeichnis installiert, allerdings:
Die Feeds der Kategorien laufen einwandfrei, nur die Gesamtheit (der index quasi) eben nicht.
(WP: 2.5.1)