Bist du bei den Webmaster Tools von Google angemeldet, da kannst dich mal durchklicken, irgendwo gibt es glaube ich "Seiten entfernen" o.ä.
Wenn du nur die Startseite indexieren willst, dann müsstest du das in der header.php im head-Bereich für die Suchmaschinen deutlich machen:
<?php if (is_home() || is_frontpage()) {
echo "<meta name=\"robots\" content=\"index,nofollow,noodp\" />";
} else {
echo "<meta name=\"robots\" content=\"noindex,nofollow,noodp\" />";
} ?>
Ob sich alle Suchmaschinen dran halten 
Es gäb aber auch noch eine 2. ergänzende Möglichkeit über die robots.txt die Seiten versuchen zu "verheimlichen". Schau mal hier: http://www.texto.de/privates-sollt…-robotstxt-628/ oder such mal nach "robots.txt".