die .htaccess verändert sich i.d.R. nicht von Geisterhand.
Lediglich verändert WP diese Datei, wenn die Permalink-Einstellungen angepasst werden. Aber das sollte bei dir keine Rolle spielen, da bei dir die Permalinks (sprich mod_rewrite) ja läuft.
Was genau wurde denn in der .htaccess geändert, so dass die Site nicht mehr lief?
Ich kann mir nur vorstellen, das irgendein Plugin da vielleicht rein grätscht.