Ich hab mir den Link zwar nicht angesehen, aber normalerweise werden shortcodes die <!-- so --> oder [so] eingefügt werden nur ausgeführt, wenn sie im "Content" liegen, also via WYSIWG-Editor eingefügt werden. Da Du php verwendest, gehe ich davon aus, dass Du da Template-Code anführst.
Macht Sinn ... hast du oder jemand anderes vllt nen Vorschlag wie ichs trotzdem einbinden könnte ?