Generelle Einfühurng:
http://blog.undkonsorten.com/wordpress-als-statisches-cms
Viele widgets können nur einmal instanziert werden, wenn Du also die selbe sidebar einmal links und einmal rechts haben möchtest, dann wird der Weg einfacher sein, zur Laufzeit die sidebar links oder rechts darzustellen und nicht zwei sidebars zu haben (und einmal die eine und dann die andere einzublenden). Auch dazu ein link:
Conditional Tags « WordPress Codex
Wenn Du dennoch zwei sidebars möchtest kannst, Du statt der widgets meist auch mit wenig aufwand den php-code in die sidebar.php selbst implementieren (zB. wenn man das widget nur eine Instanz zuläßt).
tscchüß, Micka
PS: Du könntest nat. in der wp-includes/widgets.php die Funktionen für die default widgets (in dem Fall, daß page zB. mehrmals abgearbeitet werden kann) ändern, allerdings rate ich davon ab, weil Du spätestens bei den updates Schwierigkeiten damit bekommst.