Hallo Markus,
hast Du schon eine Lösung? Ich kann Dein Problem nämlich nachvollziehen. Einer meiner Blogs hat genau obiges verhalten, oftmals funktioniert alles, hin und wieder läuft ein Link auf einen Time-Out: Fehler beim Aufbau einer Datenbankverbindung.
Nun habe ich den gesamten Blog in eine Testumgebung umgezogen Linux, mysql 5.5.28, php 5.4.6 und siehe da. Problem nachvollziehbar. Es liegt also (wahrscheinlich) nicht am Provider.
Leider bleibt bei mir das debug.log sogar leer, wenn es zum Timeout kommt (andere Warnungen von Plugins etc. werden geloggt).
Auch ein Versuch die Datenbank zu reparieren, war erfolglos
define('WP_ALLOW_REPAIR', true);
.../wp-admin/maint/repair.php
Weiß jemand Rat?
Grüße
Werner