Also, das Problem habe ich jetzt schon mal verstanden: Du hast einen Custom Post Type "Portfolio" angelegt und eine gleichnamige Seite "Portfolio". Normalerweise sind Portfolio-Beiträge unter der URL /portfolio/beitrag123 zu erreichen, die statische Portfolio-Seite ist unter /portfolio zu erreichen. Soweit, so schön.
Wenn nun die Unterseiten von Portfolio ins Spiel kommen, kann WP wegen der Namensgleichheit nicht wissen, was gemeint ist (genau genommen ist der angezeigte Name egal, dass der Slug gleich ist stört). WP sucht also nach einem Posting vom Typ "Portfolio" mit dem Slug "print" anstatt nach der Unterseite "Print" zur Oberseite "Portfolio". Das wird nicht gefunden, also 404.
Eine Lösung ist natürlich, die Slugs nicht gleich sein zu lassen. Wenn der Slug der Oberseite "mein-portfolio" wäre, hättest Du das Problem nicht. Aber ich nehme mal an, dass das Absicht ist. Ich suche jetzt gerade mal, ob man das noch irgendwie umgehen kann...
Update: Für die Pagination auf der Portfolio-Seite ist das Problem ähnlich: WP sucht sicher nach einem Portfolio-Posting "page". Dafür gibt es ein Plugin, das hoffentlich weiterhilft: http://wordpress.org/extend/plugins/category-pagination-fix/
Update 2: Falls der Pagination-Fix so noch nicht geht muss eventuell noch eine Kleinigkeit am Code des Portfolio-Seitentemplates geändert werden. Da wird $paged einfach so verwendet, was denke ich eigentlich noch als global eingelesen und/pder selbst befüllt werden müsste Schaue ich mir genauer an falls es relevant ist.
Ansonsten habe ich zu dem Problem viele Threads gefunden (z.B. http://wordpress.org/support/topic/…ture-permalinks), aber keine wirklich verständliche Lösung. Irgendwie müsste man wohl an die Rewrite Rules ran, aber das kann ich mir jetzt nicht so nebenbei ausdenken, das wäre aufwändig. Ein anderer Workaround, der mir einfällt: Die Unterseiten einfach nicht als Unterseiten machen, sondern als normale Seiten mit einem Slug wie "portfolio-print". Im Menü kann man sie dann ja trotzdem wie jetzt arrangieren.