Jeder gute Editor zeigt Dir das an, in welcher Codierung die Datei vorliegt, und bietet Dir das beim Speichern auch zur Auswahl an. Ich kann nur für UltraEdit sprechen, da kann man beim Speichern "UTF-8 (ohne BOM)" auswählen als Codierung, und unten in der Statusleiste sieht man, ob eine Datei UTF-8 st oder nicht. Welchen editor verwendest Du denn normalerweise?
Da es aussieht, als hättest Du alle Texte so geändert, dass sie keine Umlaute enthalten, nehme ich mal an, dass die Umlaute im Theme standen?! Dann würde ich vernmuten, dass es an der Codierung der Datei liegt, aber ohne einen kaputten Beispiel-Umlaut kann ich es nicht mit Sicherheit sagen.
Überprüfen kannst Du es ansonsten auch ganz einfach. Kopier mal dieses Zeichen in eine betroffene Themedatei: Ω. Wenn es nach dem Speichern, Schließen und Wieder-Öffnen noch da ist, ist die Datei korrektes UTF-8. Wenn Sie im ISO-8859-1-Format gespeichert ist, geht es kaputt, weil es griechische Buchstaben in dieser Codierung nicht gibt.